pada tahun 1735, Carolus Linnaeus menemukan sebuah sistem penamaan organisme/ makhluk hidup, sistem ini dikenal dengan nama Binominal Nomenclature. Setiap nama organisme terdiri dari dua nama dalam bahasa latin, karena bahasa latin atau yunani merupakan bahasa yang banyak dipakai di sekolah-sekolah atau lembaga akademik pada saat itu.Nama yang pertama disebut sebagai Genus dan nama yang kedua adalah nama spesies dari organisme tersebut dan tidak ditulis dengan huruf kapital. Genus dan spesies ditulis dengan memberikan garis bawah atau dengan huruf miring.
Gambar : Carolus Linnaeus
Nama tersebut menggambarkan keadaan nyata organisme itu. Sebagai contoh, Staphylococcus aureus adalah bakteri yang sudah umum dikenal. Staphylococcus adalah Genus dari bakteri tersebut dan aureus adalah nama spesies nya. Dalam Kasus ini, Genus menggambarkan keadaan nyata atau keadaan yang nampak dari sel tersebut. Staphylo artinya susunannya bergerombol kecil seperti buah anggur dan coccus menandakan bahwa bentuk selnya bulat.Dengan kata lain, Staphylococcus berarti segerombolan sel yang berbentuk seperti bola/ bulatan bulatan.Aureus adalah bahasa latin untuk Emas, ini berarti Staphylococcus aureus adalah segerombolan sel yang berbentuk seperti bola/ bulatan bulatan dan memiliki corak emas.
Kadangkala suatu organisme diberi nama sesuai dengan nama penemunya, sebagai contoh Escherichia coli yang lebih dikenal dengan sebutan E. Coli. Genus nya adalah Escherichia yang diambil dari namaTheodor Escherich,seorang microbiologist. Spesiesnya adalah coli, yang menunjukkan bahwa bakteri tersebut hidup di usus besar ( colon).
Pada abad ketujuh belas, yaitu sebelum para ilmuwan menemukan mikroorganisme, organisme diklasifikasikan dalam dua kingdom yaitu kingdom hewan dan kingdom tumbuhan. Tetapi para ilmuwan menyadari bahwa sistem klasifikasi tersebut tidak selalu valid.
Carl Woese menemukan sistem klasifikasi baru dimana suatu organisme dikelompokkan berdasarkan karakteristik molekuler dan karakteristik seluler nya. Akan tetapi tidak sampai pada tahun 1978 para ilmuwan setuju dengan sistem klasifikasi baru ini,dan hanya butuh waktu 12 tahun semenjak sistem ini diperkenalkan hingga pada akhirnya sebuah sistem baru diperkenalkan lagi.
Gambar : Carl Woese
Woese memperkenalkan tiga kelompok klasifikasi yang dinamakan domain. Domain lebih luas dari pada kingdom. Domain-domain tersebut antara lain :
Domain :
1.Eubacteria : bakteri yang memiliki dinding sel peptidoglikan (peptidoglikan adalah struktur molekular dari dinding sel eubacteria yang terdiri dari N-asetylglucosamine, N-acetylmuramic acid, tetrapeptide, side chain dan murein.)
2.Archaea : Organisme Prokariotik yang tidak memiliki dinding sel peptidoglikan.
3.Eucarya : yaitu organisme-organisme dari kingdom sebagai berikut :
a.Protista (catatan : pada proses perubahan ) : algae, protozoa, Jamur lendir
b.Fungi : ragi uniseluler, jamur
c.Plantae : lumut, alga, tanaman bunga
d.Animalia : serangga, cacing, hewan spons, vertebrata
Lalu bagaimanakah dengan ukuran mikroorganisme ?
Mikroorganisme diukur menggunakan sistem metrik,seperti pada tabel 1.1. Berikut ini kita akan membandingkan ukuran mikroorganisme dengan benda yang sudah tidak asing lagi bagi kita :
Sel telur dari ovarium 1milimeter
Sel darah merah manusia 100 micrometer
Beberapa sel bakteri 10 micrometer
Virus 10 nanometer
Atom 0.1 nanometer
aunurrofiqhidayat 